Les Youkaguirs forment l'une des populations les plus anciennes de la Sibérie. Cette culture arctique, fondée sur la chasse au renne sauvage et la pêche, remonterait d’après les archéologues aux III-IIèmes siècles avant notre ère.
Au XVIIème siècle les Youkaguirs occupaient encore d’immenses territoires dans le Nord Est de la Sibérie, de la Léna à l’Anadyr (d’Ouest en Est) et du littoral arctique aux cours supérieurs des fleuves Iana, Indigirka et Kolyma (du Nord au Sud). Des légendes sakhas attestent d’une présence très nombreuse des Youkaguires dans le passé.
Dans la première partie du XVIIème siècle, les Sakhas, suivis de très près par les Russes, commencèrent à s’épandre sur les terres youkaguires. Cette invasion entraîna l’extermination de tribus entières et une retraite générale des survivants sur des territoires moins importants : les cours supérieurs de l’Omolon, de l’Indigirka, de l’Alazeja et de la kolyma, sur l’Anadyr’ et le Korkodon.
Les légendes et le folklore youkaguires relatent cette invasion simultanée par les Russes et les Sakhas, début d’une ère de déclin et d’hécatombe pour les Youkaguirs.
L’invasion sakha
L’expansion des Sakhas vers les régions périphériques était dûe en grande partie aux expéditions punitives lancées par les Cosaques contre des bataillons yakoutes à la suite de révoltes. Parvenant sur de nouveaux territoires, les Sakhas se heurtaient aux Indigènes qu’ils parvenaient à faire reculer, en raison de la supériorité de leurs armements et de leur nombre. Les Russes qui les suivaient n’avaient plus qu’à investir des territoires libérés de leurs premiers occupants.
La conquête par les Russes
Dès 1638, les Cosaques entament la conquête du Nord-Est de la Sibérie. Sur la Yana les populations (toungouses) sont soumises sans grandes difficultés. En revanche sur l’Indigirka, les Russes se heurtent à l’hostilité des clans youkaguires, qui prennent néanmoins la fuite, effrayés par l’artillerie russe. Soumis par la force, les Youkaguirs subissent de lourdes pertes. En 1643, le cosaque Semion Dejnev mène sa première campagne contre les Youkaguires de l’Alazeïa. Ceux-ci opposent une très forte résistance à la " yassakisation ". Sur la Kolyma, les Youkaguirs sont soumis de force au terme de sanglants combats. En raison de leur extrême dispersion, les différents clans youkaguires ne peuvent opposer de résistance efficace aux Russes. Ils sont soumis les uns après les autres.
En 1649, Dejnev parvient sur le cours supérieur de l’Anadyr. Il soumet au yassak les tribus locales, Anaouls, Khodyntses et Tchouvantses (tribus youkaguires).
En 1650, un nouveau détachement mené par M. Stadoukhine s’installe dans la région et tente de prélever une deuxième fois le yassak sur les indigènes. D’effroyables batailles ont lieu au cours desquelles des tribus entières sont massacrées. Les Anaouls sont exterminés.
Les épidémies
Les épidémies de variole et de rougeole, nouvelles maladies introduites par les Russes, firent également beaucoup de ravages parmi les populations youkaguires non immunisées. Vers la fin du XVIIème siècle, on comptait encore près de 4800 Youkaguirs. En 1692-1693 une épidémie de variole causa d’innombrables pertes.